Para poder obtener un gráfico del nivel de cuentas en función de número de pixel, seleccionar dentro de la ventana de imagen la opción Plot. Una vez desplegadas las opciones de la misma, resulta útil seleccionar: Row o Column o Line. Para el caso de seleccionar Row o Column, vemos que el cursor del mouse cambia su forma a +, y aparece una línea horizontal o vertical, según el caso, debajo del mismo. Mover el cursor del mouse hasta la posición elegida y dar un click. De esta manera se graficará la fila o columna deseada (nivel de cuentas contra número de pixel). En caso de elegir Line, veremos también que el cursor del mouse cambia su forma a +. Mover el cursor del mouse hasta el primer extremo de un segmento, presionar el botón izquierdo del mouse y sin soltar el mismo, arrastrar el cursor hasta el otro extremo del segmento, luego soltar el botón. De esta manera se obtendrá un gráfico de esta línea.

Luego de desplegado el gráfico, puede ser necesario modificar los límites del mismo. Para ello seleccionar, dentro de las opciones que se observan en el gráfico, Plot. Una vez que aparecen las opciones del mismo, elegir Limits...: aparecerá un menú en el cual se podrán modificar los límites en el eje de ordenadas y/o en el eje de abscisas. Dar un click en OK si se desea graficar con los nuevos límites o dar un click en Cancel en caso contrario.